La matriz del Plan de estudios del curso de Máster en Salud Colectiva de la UEFS reúne tres componentes de los planes de estudio: las Disciplinas, las Actividades y los Trabajos de Final de Curso. Las disciplinas comprenden las obligatorias y las optativas. Existen dos grupos de disciplinas obligatorias. La que constituye un núcleo común compuesto por las disciplinas para todos los alumnos y otro grupo con las disciplinas ofrecidas según el área de concentración. Las disciplinas optativas se ofrecen de acuerdo a los proyectos de disertación en curso, considerando las líneas de investigación existentes. Además, la matriz incluye actividades obligatorias para todos los alumnos (Investigación Orientada, Seminarios Avanzados y Prácticas de Docencia). Al final del curso, el alumno debe integralizar 31 créditos disciplinarios, siendo 21 créditos de disciplinas obligatorias, 4 de disciplinas optativas, y 6 créditos de Investigación Orientada. El requisito de asistencia adoptado por el PPGSC establece la participación en, por lo menos, 85 % de la carga horaria de cada disciplina / actividad del Programa. Los trabajos de final de curso son la Disertación en la forma tradicional o en la forma de artículo y de Artículo Enviado a la revista de calificación reconocida en la área.
En el Sistema de Evaluación Discente (SAD) del PPGSC de la UEFS, cada disciplina tiene la posibilidad de establecer las formas específicas de Evaluación de sus alumnos. La Evaluación discente de las disciplinas es una exigencia establecida por el Colegiado del Programa. Lo mismo ocurre con las actividades obligatorias (Investigación Orientada, Seminarios Avanzados y Prácticas Docentes). Con esto se ha garantizado un proceso continuo de reflexión sobre el desarrollo de las disciplinas, sus puntos fuertes y sus fragilidades, permitiendo una corrección del rumbo en un corto plazo. Hay que mencionar aún que la UEFS tiene un sistema de Cuadernillo Electrónico. A partir de 2010 la posgraduación también fue imbricada en tal sistema. Siendo así, los profesores registran todas las actividades, asistencias y evaluaciones online, el que permite mayor agilidad administrativa y control de los cursos.
Hasta el 12º mes de duración del curso, el alumno debe someterse al Examen de Calificación de su proyecto de investigación. El examen consiste en la evaluación del proyecto por jurado compuesto de tres miembros titulares y dos suplentes. Entre los miembros titulares, por lo menos, un evaluador debe pertenecer a otra institución . La disertación debe ser presentada y defendida hasta el 24º mes de duración del curso. De modo similar al proceso establecido en el examen de calificación, la disertación es evaluada por una banca compuesta por tres miembros titulares y dos suplentes, siendo por lo menos uno de los titulares perteneciente a otra Institución o Programa de posgraduación fuera de la UEFS.