A matriz curricular do curso de Mestrado em Saúde Coletiva da UEFS possui 03 componentes curriculares: as Disciplinas, as Atividades e os Trabalhos de Conclusão de Curso. As disciplinas compreendem as obrigatórias e as optativas. Existem dois grupos de disciplinas obrigatórias. Uma que constitui um núcleo comum composto por disciplinas para todos os alunos, e outro grupo com disciplinas ofertadas por área de concentração. As disciplinas optativas são oferecidas de acordo com os projetos de dissertação em andamento, considerando as linhas de pesquisa existentes. Além disso, a matriz inclui atividades obrigatórias para todos os alunos (Pesquisa Orientada, Seminários Avançados e Estágio de Docência). Para a conclusão do curso, o aluno deve integralizar 31 créditos disciplinares, sendo 21 créditos de disciplinas obrigatórias, 04 de disciplinas optativas, e 06 créditos de Pesquisa Orientada. O requisito de freqüência adotado pelo PPGSC estabelece a participação em, pelo menos, 85% da carga horária de cada disciplina / atividade do Programa. Os trabalhos de conclusão são a Dissertação na forma tradicional ou na forma de artigo e Artigo Enviado para revista de qualificação reconhecida na área.
No Sistema de Avaliação Discente (SAD) do PPGSC da UEFS, cada disciplina tem a possibilidade de estabelecer as formas específicas de avaliação dos seus alunos. A avaliação discente das disciplinas é uma exigência estabelecida pelo Colegiado do Programa. O mesmo ocorre, com as atividades obrigatórias (Pesquisa Orientada, Seminários Avançados e Estágio Docência). Com isto tem sido garantido um processo contínuo de reflexão sobre o desenvolvimento das disciplinas, seus pontos fortes e suas fragilidades, permitindo uma correção de rumo em um curto período de tempo. Registra-se ainda que a UEFS possui um sistema de Caderneta Eletrônica. A partir de 2010 a pós-graduação também foi inserida nesse sistema. Sendo assim, os professores registram todas as atividades, freqüências e avaliações online, o que permite maior agilidade administrativa e controle dos cursos.
Até o 12º mês de duração do curso, o aluno deve se submeter ao Exame de Qualificação do seu projeto de pesquisa. O exame consiste em avaliação do projeto por banca composta por três membros titulares e dois suplentes. Entre os membros titulares, pelo menos, um avaliador deve ser de outra instituição. A dissertação deve ser apresentada e defendida até o 24º mês de duração do curso. De modo similar ao processo estabelecido no exame de qualificação, a dissertação é avaliada por uma banca composta por três membros titulares e dois suplentes, sendo pelo menos um dos titulares de outra instituição/Programa de Pós-Graduação fora da UEFS.