O curso acadêmico de mestrado em Saúde Coletiva da UEFS foi criado em 1997 e forneceu as bases para a implantação do PPGSC. O curso é presencial e tem duração de 24 meses.
O processo seletivo para o Mestrado de Saúde Coletiva se faz por linha de pesquisa e é orientado por uma vinculação direta com os projetos de pesquisa em andamento no Programa. As inscrições para a seleção de candidatos serão abertas mediante edital publicado pela Pró-Reitoria de Pesquisa e Pós-Graduação, com antecedência mínima de um mês da abertura das inscrições e de dois meses da data do início do processo seletivo.
A seleção se realiza em quatro etapas: Avaliação de projetos; Prova de Língua Estrangeira; Prova de Conhecimentos em Saúde Coletiva; e Entrevista com Avaliação de Currículo. As três primeiras etapas são eliminatórias e a última classificatória. Todo o corpo docente participa em algum momento do processo de seleção, alternando-se os membros da comissão de organização, a cada ano, como forma de se distribuir o trabalho mais equitativamente, dando chance a todo o corpo docente de conhecer os procedimentos e contribuir no aperfeiçoamento do processo.